Если вы все же решились сменить кодировку вашего сайта, то вам нужно учесть, что из-за различия форматов, вы просто так не сможете обновить файлы скрипта. Для этого вам нужно будет установить скрипт по новой, поэтому для обновления вам нужно сделать следущее:
1. Создать резервную копию базы данных вашего сайта с кодировкой windows-1251.
2. Запустить установку скрипта, используя дистрибутив из UTF версии скрипта.
3. По новой переконфигурировать настройки скрипта.